Der größte Unterschied ist wohl, dass es einige Charaktere gibt die zwar im Manga, jedoch nicht im Anime auftauchen. Da die Charaktere des Animes im Vordergrund stehen, sind die zusätzlichen Charaktere nicht notwendig, sondern verlängern jediglich die Story. Außerdem sind manche Charaktere die Gegenstücke zu den Charakteren des Animes. Es folgt eine Liste mit allen nicht im Anime vorkommenden Charakteren:

Gegenstücke der Clubmitglieder

Sasaki

Sie ist eine Freundin von Kyon aus der Mittelschule und tritt das erste mal in der neunten Publikation der Light Novel auf. Sasaki stellt sich selbst als „enge Freundin“ von Kyon vor und erzeugt damit bei Haruhi Gefühle von Eifersucht. Die Beziehung zu ihr verschaffte Kyon den Ruf eines Liebhabers von „seltsamen Mädchen“, da Sasaki das männliche Pronom boku(dt. ich) verwendet. Sie zieht die Aufmerksamkeit der Organisationen auf sich, da sie es vermögen soll eine andere Form von Parallelwelt entstehen zu lassen. So besitzt sie viele charakterliche Gemeinsamkeiten mit Haruhi, was zwischen den beiden immer wieder zu Reibungen führt. Im Gegensatz zu Haruhi ist sie sich jedoch der sie umgebenden Außerirdischen, Zeitreisenden und ESP-Begaten bewusst.

Kuyo Suo

Wie Yuki Nagato ist sie eine menschliche Schnittstelle die jedoch vom Canopy Dominion auf die Erde entsandt wurde. Sie erscheint als ein Mädchen mit sehr langen Haaren, das die meiste Zeit von den sie umgebenden Menschen nicht wahrgenommen wird. Sie spricht kaum oder in sehr unverständlichen Sätzen. Ihre Mission auf der Erde wird nicht näher erklärt.

Kyoko Tachibana

Wie Itsuki ist sie eine ESP-Begabte, wurde aber von einer anderen Organisation entsandt, die Sasaki anstelle von Haruhi als Auslöser der Ereignisse und Quelle ihrer Macht ansahen. Die hinter ihr stehende Organisation behauptet daraufhin, das Haruhi die Kräfte von Sasaki gestohlen habe und sie wieder zurücktransfertiert werden müssen. Ähnlich wie Itsuki verfügt sich die Fähigkeit die von Sasaki erschaffenen Parallelwelten zu betreten. In einer ruhigen und freundlichen Art versucht sie dazu die anderen Charaktere für ihre Mission zu gewinnen und ist dabei oft von deren fehlender Mithilfebereitschaft enttäuscht.

Schüler 

Vorsitzender des Schulrates

Ausgewählt von Itsuki wird er von der Agency als ärgster Widersacher des gegründeten Clubs dazu benutzt um Haruhi zu beschäftigen. So greift er als „Ordnungshüter“ immer wieder den Schulclub mit der Begründung an, dass es kein legitimer Club sei, der den Schulregeln entspricht. In seiner Rolle als Widersacher trägt er stets eine Brille und reagiert verschlossen und ruhig. Sobald sich Haruhi nicht in seiner Nähe befindet lässt er diese Fassade fallen, entfernt seine Brille und raucht sogar Zigaretten. Nach und nach gefällt ihm diese Rolle jedoch immer besser und er genießt es seine Macht auszuspielen.

Wie von einigen anderen Charakteren wird sein richtiger Name trotz seiner beständigen Angriffe nie genannt. In der Fernsehserie taucht er nicht auf, da er in den entsprechenden Kapiteln der Light-Novel-Reihe noch keine Rolle spielt.

Miyoko Yoshimura

Sie ist ein Mädchen über das Kyon schrieb, als er eine romantische Geschichte für den Literatur-Club verfassen sollte. Obwohl sie die Klassenkameradin seiner jüngeren Schwester ist, hinterlässt sie jedoch bei den anderen Charakteren den Eindruck, als ob sie eine Beziehung mit Kyon besitzt. Sie taucht nur innerhalb der Buchreihe auf und war im Anime nicht zu sehen.

Nakagawa

Kyon und Nakagawa kennen sich seit der Mittelschule und sind seitdem gute Freunde. Nakagawa verliebt sich auf den ersten Blick in Yuki Nagato. Dabei ist seine Zuneigung zu ihr so extrem, dass er sich intensiv mit seinen Studien beschäftigt um eines Tages zu seiner „Göttin“ zu passen. Dies ist jedoch nur der Eindruck den er bei den anderen Charakteren hinterlässt. In Wirklichkeit sieht er in Yuki nur eine Schnittstelle zur Integrated Data Entity, von deren Reichtum, Macht und Wissen er sich überwältigen ließ. Als auch Yuki hinter dieses Geheimnis kommt, entfernt sie ihm die Fähigkeit die Entity sehen zu können.